Anal kanser tedavisi, kanserin evresine, tümörün boyutuna ve hastanın genel sağlık durumuna bağlı olarak kişiye özel olarak belirlenir. Kemoradyoterapi, erken evre kanser için ana tedavi yöntemi olup, kemoterapi ve radyasyon tedavisi tek başına da uygulanabilir. Eğer tedaviye yanıt alınamazsa veya tümör küçükse, cerrahi müdahale seçenekleri devreye girer. Tedavi planı, hastaların yaşam kalitesini koruyarak en iyi sonuçları elde etmek için titizlikle hazırlanır.